Avrupa Araştırmaları Enstitüsü, Türkiye Cumhuriyeti'nin 1987 yılında Avrupa Topluluğu'na tam üyelik başvurusu yapmasından hemen sonra Marmara Üniversitesi Rektörlüğü'ne bağlı olarak kurulmuştur.

Enstitünün temel amaçları; yüksek lisans ve doktora eğitimi vererek kamu ve özel sektör için AB konularında uzmanlar yetiştirmek ve AB ile ilgili alanlarda yayın ve araştırmalar yapmaktır.

Enstitü'de Avrupa Birliği Hukuku, Avrupa Birliği Siyaseti ve Uluslararası İlişkiler, Avrupa Birliği  İktisadı ve İşletme ile Avrupa'da Siyasal İletişim olmak üzere dört anabilim dalı bulunmaktadır. 2006 yılında Avrupa Komisyonu tarafından Enstitüye Jean Monnet Mükemmeliyet Merkezi (Jean Monnet Centre of Excellence) unvanı verilmiştir. Enstitimüz bünyesinde bulunan Avrupa Birliği Dokümantasyon Merkezi 2011 yılına kadar faaliyetlerine devam etmiş, Eylül 2012'de faaliyete geçen Avrupa Birliği Bilgi Merkezi ise 2016 yılına kadar faaliyet göstermiştir.

Ayrıca, Avrupa Araştırmaları Enstitüsü bünyesinde 2009 yılından bu yana faaliyet gösteren Türkiye-Almanya İlişkileri Uygulama ve Araştırma Merkezi Türkiye'de bu alanda bir ilk niteliğindedir. 

Kuruluşundan bu yana Enstitüde 50'den fazla yabancı öğretim üyesi dersler ve seminerler vermiştir. Bu öğretim üyeleri arasında Avrupa Hukuku'nun kurucularından sayılan Prof. Dr. Dominik Lasok, Avrupa Toplulukları Komisyonu Eski Onursal Genel Sekreteri ve Floransa Avrupa Üniversitesi Enstitüsü Eski Rektörü Emile Noël, Avrupa Parlamentosu Eski Basın Sözcüsü Dr. Guy Vanhaeverbeke gibi ünlü isimler de bulunmaktadır. Ayrıca Enstitü Brüksel'de bulunan TEPSA (Trans European Policy Studies Association) ile yakın işbirliği halindedir.

Merkezi Brüksel'de bulunan Uluslararası Avrupa Topluluğu Çalışmaları Derneği'nin (ECSA) Türkiye ayağı olan Avrupa Topluluğu Araştırmaları Türk Üniversite Birliği'nin (TUNAECS) faaliyetleri de Avrupa Araştırmaları Enstitüsü tarafından yürütülmektedir. Birçok projeye ve yayına imza atmış olan Enstitü, halihazırda çeşitli projeler sürdürmekte, çeşitli kitapların yanı sıra alanındaki ilk düzenli akademik yayın olan Marmara Avrupa Araştırmaları Dergisi'ni (Marmara Journal of European Studies) yayınlamaktadır.

Enstitümüzde Avrupa Hukuku, Avrupa Siyaseti ve Uluslararası İlişkiler ve Avrupa İktisadı Anabilim Dallarında Yüksek Lisans ve Doktora Programlarında Türkçe – İngilizce eğitim verilmektedir. Avrupa'da Siyasal İletişim Anabilim Dalı'nda ise Türkçe, Fransızca ve İngilizce programlar bulunmaktadır. Doktora Programına, Yüksek Lisans derecesi ile öğrenci kabul edilmektedir. Yüksek Lisans Programlarını tamamlama süresi 4 yarıyıl, azami süresi 6 yarıyıldır. Doktora Programlarını tamamlama süresi ise 8 yarıyıl, azami süresi 12 yarıyıldır. Enstitümüz Programlarına yalnızca Güz Döneminde öğrenci alımı yapılmaktadır.