Jean Monnet Mükemmeliyet Merkezleri Avrupa Komisyonu tarafından desteklenen Jean Monnet Projesi kapsamında oluşturulmuşlardır. Jean Monnet Projesi, üniversiteler ve (yüksek öğretim denklikleri ulusal yetkililer tarafından kabul görmüş) yüksek öğretim kurumlarını hedeflemektedir.

Genel amaç; başlangıç maliyetlerinde yardım yapma yoluyla üniversitelerde Avrupa bütünlemesi çalışmalarına yardımcı olmaktır. Jean Monnet Projesi Avrupa bütünleşmesi hakkında bilgi ihtiyacına cevap verdiği gibi hem ulusal hem de uluslararası düzeyde Avrupa bütünleşmesi ve Avrupa Birliği gelişmeleri alanlarında daha fazla bilimsel kaynağın ve akademik faaliyetin ortaya çıkmasını sağlamaktadır. Bu amaçla da, topluluk hukuku, Avrupa ekonomik bütünleşmesi, Avrupa politik bütünleşmesi ve Avrupa inşa sürecinin tarihçesi gibi sosyal bilimler konularını hedef almaktadır.

Jean Monnet Avrupa Mükemmeliyet Merkezleri, Avrupa bütünleşmesiyle ilgili çalışma ve araştırmalar için bilimsel ve insani kaynaklarla dokumanların bir veya daha fazla üniversite arasında paylaşıldığı ve Avrupa bütünleşmesinde uzmanlaşmış bir çatı oluşturmaktadır. Avrupa Mükemmeliyet Merkezleri Projesi, üniversitelerin kaynaklarını Avrupa Bütünleşmesi alanına yoğunlaştırmalarına olanak sağlamak ve hem üniversitelerin içinde hem de bölgesel seviyede faaliyetleri geliştirmek için Avrupa Komisyonu tarafından başlatılmıştır.
 

Marmara Üniversitesi Avrupa Birliği Enstitüsü bütün Avrupa ülkelerinde yer alan “Avrupa bütünleşmesi”nin üniversite ve yüksek öğretimde desteklenmesini amaçlayan belirli sayıdaki mükemmeliyet merkezinden biridir. 2005 yılında Avrupa Komisyonu tarafından Mükemmeliyet Merkezi unvanı almaya hak kazanan Enstitü çalışmalarını pek çok alanda sürdürmektedir.
 
Avrupa ile ilgili güncel gelişmelerin Türkiye’de daha bilinçli takip edilmesiyle birlikte öğretim, uzmanlık ve çeşitli yayınların çıkartılması yoluyla bu alanda eğitim ve araştırmanın teşvik edilmesine gayret göstermektedir. Enstitü'nün Jean Monnet Mükemmeliyet Merkezi unvanı kapsamında AB ile ilgili alanlarda gerçekleştirdiği başlıca faaliyetler şunlardır:

Yüksek Lisans ve Doktora seviyesinde Enstitü çatısı altındaki anabilim dallarında Avrupa çalışmalarıyla ilgili lisans sonrası eğitim verilmesi;

Bu alanda araştırma ve projeler gerçekleştirilmesi;

Akademik dünyaya bilgi ve tartışma ortamı sağlama amaçlı konferansların düzenlenmesi;

9 Mayıs Avrupa günü kutlamaları organizasyonlarının hazırlanması; 

Marmara Avrupa Araştırmaları Dergisi ve belirli olaylara özel makaleler yoluyla özgün ve bilimsel çalışmaların yayınlanması; 

TUNAECS – Türk Üniversiteleri Avrupa Çalışmaları Birliği’nin sekreterlik görevinin yürütülmesi ve Avrupa çalışmalarında yer alan diğer üniversite, merkez ve akademisyenlerin arasında koordinasyon sağlanması; 

Bünyesindeki Avrupa Dokümantasyon Merkezi yoluyla Avrupa Birliği ile ilgili bilgilerin yayılmasına katkı sağlanması; 

Belediyeler ve sivil toplum kuruluşları ile işbirliği içinde kamuoyunu Avrupa Birliği’ndeki gelişmeler ve Türkiye-AB ilişkileri konusunda bilgilendirecek konferans ve toplantıların düzenlenmesi.